Bioinformation Mr.How知其所以然之表观性状与生物信息主题模块

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目录

• BSA
  • DNA-BSA
  • RNA-BSA
• eQTL
• QTL
  • 连锁分析
  • 关联分析
• GWAS
• GWAS+转录组联合分析
• 群体遗传（选择压力分析）
• 遗传图谱
• 遗传进化
• WGCNA

定义

• BSA 定义： BSA混合分组分析（Bulked segregation analysis），也称分离群体分组分析， 是一种通过在群体中挑选极端或代表性性状的个体组成混池进行分析的方法。
  • DNA-BSA：
  • RNA-BSA：
• eQTL：表达数量性状位点(expression quantitative trait loci, eQTL)分析。
• QTL 定义： QTL是quantitative trait locus，数量性状座位或者数量性状基因座，它指的是控制数量性状的基因在基因组中的位置。
  • 连锁分析：连锁分析一般是表型差异较大的两个纯系亲本杂交衍生的作图群体，只要存在连锁，在群体中就能观测到连锁不平衡，另外群体有明确的等位基因和等位基因频率，不存在群体结构。
  • 关联分析：关联分析研究一般是自然群体，无需构建群体，节约群体构建时间（利用作图群体或是多亲本衍生家系样本除外）；可同时对同一个基因座的多个等位基因进行分析；利用自然群体长期进化过程中累积的重组信息，定位结果分辨率更高，甚至可以直接定位到基因本身。
• GWAS：全基因组关联研究（GWAS），应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(single nucleotide ploymorphism，SNP)为分子遗传标记，进行全基因组水平上的 对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略。
• GWAS+转录组联合分析：转录组分析可以先找到表达差异基因。
• 群体遗传（选择压力分析）：一定时间，生活在某一地区，能够相互交配并产生具有繁殖能力后代 的所有个体的总和，这样的群体又称为孟德尔式群体（Mendelian population）。 分析的基因，为等位基因频率和基因型频率。
• 遗传图谱： 遗传连锁图谱(Genetic Linkage Map)指基因或其他DNA序列在染色体上的相对位置与遗传距离 。遗传图谱最重要的应用是鉴定目的基因或QTL在染色体上的位置。
• 遗传进化： 群体遗传进化主要应用数学和统计学的原理和方法研究生物 群体中基因频率和基因型频率的变化，以及影响这些变化因素与遗传结构的关系。
• WGCNA：权重基因共表达网络分析

#参考资料
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一级资料文献与书籍及重要作者
文献：
书籍：
博客：
论坛：
视频：

二级资料：他人加工且有观点及大众资料
博客： 论坛：
视频：

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